Это вызвано следующими причинами:

• Joomla! изначально ориентированна на широкий спектр выполняемых функции, это подразумевает большую нагрузку на сервер. При пиковых нагрузках, либо при большом количестве одновременных пользователей Joomla! может создать огромную нагрузку на сервер, что приведёт к неработоспособности веб-ресурса.
• Из-за большой распространённости данной CMS она является одной из приоритетных мишеней для хакеров.
• Для расширения функционала CMS используются «сторонние» разработки, поставляемые в виде компонентов и модулей, которые могут содержать уязвимости.

Собственный опыт использования Joomla!

• Изначально поставляемый движок не содержит должных мер безопасности и требуется его дополнительная настройка, как самого движка, так и сервера.
• При долгой работе сайта на Joomla!, вследствие того, что данные о сессиях пользователей хранятся в базе данных, возможен сбой работы базы данных сайта, что приводит к его неработоспособности.
• При большом количестве данных в базе данных быстродействие сайта существенно снижается, вплоть до явного торможения при открытии страницы.
• Многие компоненты несовместимы между собой, что приводит к неожиданным сбоям.

Вывод:
В целом, Joomla! является мощным и универсальным движком, идеальным для построения любительских сайтов и порталов и подходящим для построения корпоративных сайтов. Но при использовании в коммерческих сайтов, рекомендуется его постоянная доработка и слежение за состоянием сайта. При должном использовании и правильной настройке, уровень безопасности и надёжности Joomla! не сильно уступает Bitrix.